Vegetasjonen har de siste 40-50 årene endret seg mye i Torsken. Tidligere var store deler av vegetasjonen avbeita av husdyr, og i alle bygdene var det meste av jorda kultivert og brukt til husdyrfor og potetland. Her fantes et stort mangfold av vekster, som nå er i ferd med å forsvinne. Nå gror det meste igjen av skogen, som domineres av vier, bjørk og rogn, mens også andre treslag inntar det gamle kulturlandskapet. I tillegg har man plantet store arealer med gran og delvis furu (særlig Giska), noe som fortrenger den opprinnelige vegetasjonen. Flere steder, særlig sør i kommunen, fins kystfuru. Ellers består vegetasjonen i stor grad av bregneskoger, kvann og et ganske rikt blomstermangfold. Sør- og sørøstvendte fjellskråninger er særlig interessante i biologisk sammenheng, ved at man her finner svært sjeldne insekter og planter i nord-norsk sammenheng. Et slikt område er Sifjordura, som Midt-Troms museum har foreslått fredet. Bl.a. er den sjeldne panterspinneren funnet her, her fins mye av den store fjellgresshoppa og ikke minst: Her har man oppdaget kanskje fylkets største ansamling av den vakre blomsten fjellflokk. I Sandsvika skal også det vokste planter som er svært sjeldne her nord. De fleste bærsortene fins også i kommunen, som blåbær, tyttebær, moltebær, bringebær, krøkebær, rypebær, villrips m.v.

Vanlige innslag i kommunens fauna er rev, oter, røyskatt og hare. Om vinteren søker spesielt reven og røyskatten nær bygdene i håp om å skaffe seg mat, og da gjerne i form av fiskeavfall. Oteren holder seg om vinteren inne i fjordene, mens han om sommeren drar ut til skjær og odder for å få unger. Ellers kan det nevnes at bønder i området har sauer gående på fjellet om sommeren og at tamreinen av og til er på besøk her ute. Faste elgstammen har også bygd seg opp etter hvert, og er nå stå stor at kommunen vurderer å søke om elgval. Noen påstår også å ha sett gaupa. Ellers er det mye sel, særlig steinkobbe, både ute på holmene og inne i fjordene. Nise og større hvalarter er også ofte på besøk inne i fjordene. Fuglelivet er rikt, spesielt ved havet sjøen og langs strandbeltet. Av måsearter er svartbak, blåbak, småmåse og seimåse vanlige. Skarven holder til i kolonier og liker seg særlig godt på yttersia av Ørja, men også inne i fjordene. Andre vanlige arter er tjeld, tenne (terne), and og hegre. Havørna er svært vanlig. Ellers fins en rekke av de vanligste fuglene ved bebyggelsen, i skog og mark og på fjellet.